O cenário é um mundo paralelo ao Fate / stay night onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Guerra do Santo Graal teria acontecido, a Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação Mage e que estão em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um misterioso Servo. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.
Na cidade de Trifas, duas facções vão lutar pelo controle da relíquia sagrada, cada uma delas possuindo sua própria equipe de sete Servos: a Fação Negra cujos membros são parte de Yggdmillennia, protegendo o Graal e a Fação Vermelha cujos membros eram Enviado pela Associação Mage, tentando levar o Graal de volta. Para um evento dessa escala, o próprio Graal convoca seu próprio Servo, o Reitor sagrado, para supervisionar o conflito.
Isso marca o início da Grande Guerra do Santo Graal.
